L’origen del topònim de Flix sembla que deriva del terme llatí flexus, que fa referència al meandre que fa el riu Ebre al seu pas per el terme municipal.

Trobem restes de la presència musulmana a Flix, com ara un sistema de canals de recs que van estar vigents fins a la primeria de la present dècada.

L’any 1154, el comte Ramon Berenguer IV va cedir els drets senyorials al noble Bonifaci della Volta.

L’any 1398, el Consell de Cent de Barcelona acordà la compra de la baronia de Flix, de la Palma i del Mas de Flix (població que ha desaparegut), perquè així podia controlar els subministraments de blat per abastir la població barcelonina i evitar alhora els elevats impostos amb què els gravava la ciutat de Tortosa.

A l’edat mitjana s’hi construeix una presa o assut.

Barcelona conservà la possessió de Flix fins a l’any 1714.

Flix va ser testimoni dels diferents conflictes bèl·lics que es van succeir durant el segle XIX, la Guerra del Francès, l’aixecament realista de 1822 i les guerres carlistes.

Durant la Tercera Guerra Carlista va ser construït l’actual castell Nou.

Cal destacar també durant aquesta guerra la figura del guerriller carlista flixenc Josep Agramunt, més conegut com el Capellà de Flix.

A la Guerra Civil (1936-1939), la vila fou ocupada per primer cop per les forces del general Franco el 4 d’abril de 1938. La presència de l’electroquímica va convertir Flix en un objectiu militar, per la qual cosa patí alguns bombardejos aeris per part de la l’aviació franquista.

Aquesta vila també fou un dels escenaris de la Batalla de l’Ebre, ja que va ser un dels punts pels quals l’exèrcit republicà va creuar el riu.

Més tard, als anys quaranta, es va construir la central hidroelèctrica, la qual va començar a produir l’any 1948.

La construcció de la presa va tenir com a conseqüència la desaparició de l’antic assut. L’estructura d’aquesta presa es va aprofitar per convertir-la en pont, i es va fer desaparèixer l’antiga barca de pas a la zona del riu de Dalt.