La filiació del topònim Benissanet és aràbiga. Sembla que l'origen del poble va ser una alqueria musulmana, assentada damunt d'unes ruïnes romanes. La repoblació del territori fou encomanada a l'orde del Temple, instal·lada al castell de Miravet. Amb l'extinció dels templers passà als hospitalers, fundadors de la castellania d'Amposta.
Durant la guerra contra Joan II, la població no va tenir cap paper important però sí que l'afectà greument l'expulsió dels moriscos, l'any 1610, decretada per Felip III. Els expulsats de Benissanet foren 432, els quals ocupaven noranta cases. Si això és cert, el fogatge del 1568 assignà a Benissanet 81 focs i un capellà. Caldria esmentar que només aquest era cristià vell i que, al poble, després de l'expulsió, només hi va quedar ell.

La població quedà maltractada i empobrida després de les guerres dels Segadors i de Successió. L'any 1719, el poble quedà reduït a 199 habitants. Després d'aquesta davallada, Benissanet, com tots els pobles essencialment agrícoles, enregistrà una considerable recuperació econòmica i, per tant, demogràfica. En cent anys passà de 199 habitants a 1118. Aquest fort impuls continuà malgrat les guerres carlines, en què hi hagueren combatents i víctimes de l'una i de l'altra banda.

Durant la Guerra Civil de 1936-1939, la població fou durament castigada. S'hi produïren nombroses víctimes, enderrocaments d'edificis, per les bombes. El més destacat és l'església, de la qual se'n va poder recuperar un retaule del s. XVII.